A Secretaria de Meio Ambiente, Proteção e Bem-Estar Animal de Sorocaba foi criada em 2009. É o órgão executivo responsável pela proteção do sistema natural e pelo controle da qualidade ambiental no município. Os setores da secretaria estão divididos em três:
São também vinculados à Secretaria Municipal do Meio Ambiente:
- Conselho Municipal de Desenvolvimento do Meio Ambiente (COMDEMA) - Orgão colegiado local, de composição paritária, com caráter consultivo, deliberativo e de assessoramento da Prefeitura de Sorocaba, em questões relativas ao Meio Ambiente, em toda a área do município.
- Conselho do Parque Natural Municipal Corredores de Biodiversidade (CGPNMCBio) - Objetiva garantir a participação popular no planejamento, gerenciamento e fiscalização das atividades relativas a estas unidade de conservação (UC).
- Conselho Municipal de Proteção e Bem-Estar Animal (CMPBEA) - Órgão consultivo, vinculado à Secretaria do Meio Ambiente e Sustentabilidade, com representantes do Poder Público e da Sociedade Civil, que tem como objetivo orientar, auxiliar e aconselhar a Sema e outros órgãos com relação às políticas públicas inerentes à proteção e defesa dos animais.
- Fundo do Meio Ambiente – FAMA - Fundo de natureza contábil, para utilização exclusiva da SEMA com o objetivo de centralizar e gerenciar recursos orçamentários para os programas e projetos destinados a implementar políticas ambientais que visem a preservação e conservação de ecossistemas naturais, a manutenção dos parques ecológicos, o desenvolvimento de atividades de educação ambiental.